Sejarah terbentuknya Desa Suanae tidak terpisahkan dari sejarah terbentuknya Kecamatan Miomaffo Barat dan Kecamatan-Kecamatan lain di Kabupaten Timor Tengah Utara yakni berdasarkan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur tanggal 22 Peb 1962 Nomor : Pem. 66/1/2 Tentang Pembentukan 64 buah Kecamatan dalam Propinsi Nusa Tenggara Timur maka Kabupaten Timor Tengah Utara dibagi menjadi 5 Kecamatan, yakni : Kecamatan Kota, Kecamatan Miomaffo Timur, Kecamatan Miomaffo Barat, Kecamatan Insana dan Kecamatan Biboki.

Selanjutnya dengan Keputusan Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Nusa Tenggara Timur tanggal 6 Juli 1967 Nomor : Pem.66/1/32 dari sebagian wilayah Miomaffo dibentuk Kecamatan Miomaffo Timur dan Miomaffo Barat. Selanjutnya Kecamatan Miomaffo Barat dimekarkan dalam 5 Kecamatan yakni: Kecamatan Naibenu, Bikomi Utara, Bikomi Tengah,Bikomi Nilulat dan Bikomi Selatan.

Desa Suanae dibentuk dengan Keputusan Gubernur KDH.Swatantra Tk. I Nusa Tenggara Timur Nomor : Und.2/1/27 tanggal 4 November 1964 tentang Pembentukan Desa Gaya Baru di Seluruh Daerah Swatantra Tingkat II Dalam Wilayah Daerah Swatantra Tingkat I Nusa Tenggara Timur dan ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Bupati KDH Tk. II Timor Tengah Utara Nomor : DD.12/II/I tanggal 7 Mei 1969 mengenai Pembentukan Desa – Desa Gaya Baru di Kabupaten Daerah Tingkat II Timor Tengah Utara.

Pada masa Pemerintahan Hindia Belanda, Desa Suanae termasuk salah satu Ketemukungan dari 182 ketemukungan dan menjadi bagian dari Landschapen/kerajaan/swapraja yaitu Swapraja Miomaffo, Kefetoran Noetoko. Pada masa itu, struktur pemerintahan Hindia Belanda diatur secara berjenjang mulai dari pemerintahan Onderafdeeling, Swapraja,Kefetoran hingga Ketemukungan besar (temukung naek) dan Ketemukangan kecil (temukung ana)

Dalam menjalankan tugasnya sebagai pembantu Fetor, seorang Temukung dibantu oleh Pembantu Temukung (Nakaf) dan seorang Mafefa/mahana (juru bicara). Ketemukungan yang mebawahi beberapa Mnasi atau Amnasit (Tua adat) memiliki peran dan kedudukan yang sangat strategis karena pemerintahan level terendah ini diberi

Kewenangan untuk langsung mengurus masyarakat.

Perubahan nomenklatur dan sistem pemerintahan Desa berdasarkan Surat Keputusan Bupati KDH Tk. II Timor Tengah Utara Nomor : DD.12/II/I tanggal 7 Mei 1969 mengenai Pembentukan DesaDesa Gaya Baru di Kabupaten Daerah Tingkat II Timor Tengah Utara,dengan pembentukan 112 Desa Gaya Baru di Kabupaten Dati II Timor Tengah Utara tersebut maka secara de facto pemerintahan Ketemukungan dinyatakan tidak berlaku lagi sehingga sebanyak 182 ketemukungan dilebur menjasi 112 Desa.

Pada masa tersebut, Kepala Desa pertama dijabat oleh Yoseph Kosat dari Tahun 1968 – 1974, kemudian Kepala Desa kedua masih dijabat oleh Yoseph Kosat dari tahun 1974 – 1979, Kepala Desa Ketiga dijabat oleh Petrus Fios selama 1 (satu) periode dari tahun 1979 – 1983, Kepala Desa keempat dijabat oleh Penjabat sementara Hendrikus Babu dari tahun 1983 – 1984, Kepala Desa Kelima dijabat kembali oleh Yoseph Kosat dari tahun 1984 – 1993, Kepala Desa Keenam dijabat oleh Agustinus Babu dari tahun 1994 – 2002, Kepala Desa ketujuh dijabat oleh Donatus Sanam dari tahun 2002 - - 2013 (2 Periode) kemudian Kepala Desa kedelapan dijabat sementara oleh Penjabat Nikolas Kaso Tuan dari tahun 2013 – 2014 dan tahun 2015 – 2021 Kepala Desa kesembilan dijabat oleh Paulinus Y. Sonlay, kemudian Kepala Desa kesepuluh dijabat sementara oleh Penjabat Nikolas Kaso Tuan dari tahun 2021 – 2023, dan Kepala Desa kesebelas dijabat oleh Patrisius Faimau dari Tahun 2023-2029.

Sejak bergulirnya reformasi tahun 1998, penyelenggaraan pemerintahan berubah secara drastis, mulai dari pusat hingga Desa. Dalam kaitan dengan itu, terbitnya Undang – Undang Nomor 22 Tahun 1999 yang kemudian digantikan dengan Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan daerah Secara otomatis menggugurkan Undang – Undang Nomor 5 Tahun 1979 Tentang Pemerintahan Desa.

Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 menegaskan bahwa Desa atau yang disebut dengan nama lain adalah kesatuan masyarakat hukum yang memiliki batas-batas wilayah yang berwenang untuk mengatur dan mengurus kepentingan masyarakat setempat berdasarkan asal-usul dan adat istiadat setempat yang diakui dan dihormati dalam sistem pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Sebagai perwujudan demokrasi, dalam penyelenggaraan pemerintahan Desa, dibentuk Badan Permusyawaratan Desa (BPD) atau sebutan lain yang sesuai dengan budaya yang berkembang di Desa bersangkutan, yang berfungsi menetapkan Peraturan Desa bersama Kepala Desa, menampung dan menyalurkan aspirasi masyarakat.Keanggotaan Badan Permusyawaratan Desa terdiri dari wakil penduduk Desa bersangkutan yang ditetapkan dengan cara musyawarah dan mufakat. Masa jabatan Badan Permusyawaratan Desa 5 (lima) tahun dan dapat dipilih kembali untuk 1 (satu) kali masa jabatan berikutnya.